Formée au Conservatoire d’Anvers, à l’opéra studio de Flandre et à la Chapelle Musicale Reine Elisabeth, la carrière internationale d’Hendrickje Van Kerckhove prit son essor des 2005 lorsqu’elle est invitée à se produire à l’Opéra de Bavière, dans Natalia-Medusa dans Medusa d’Arnoldo De Felice, Ballo in Maschera (Oscar) et Don Carlo (Voce dal cielo) dirigé par Zubin Mehta, qui l’invita par la suite à chanter Blonde dans L’enlèvement au Sérail à Tel-Aviv. Elle est remarquée par d'autres importantes maisons d'opéra telles que le Liceu de Barcelone, le Theater an der Wien, l'Opéra national d'Amsterdam et le Théâtre royal de la Monnaie où elle fait ses débuts dans le rôle de Kristin dans la création mondiale de Julie de Philippe Boesmans (une production réalisée par le metteur en scène Luc Bondy, reprise aux Wiener Festwochen et au Festival d’Aix en Provence). Par la suite l'artiste est régulièrement l'invitée de la Monnaie, où elle chante à grand succès Blonde, Ernestine (Monsieur Choufleuri), Sophie (Werther), 1ère Fille-Fleurs (Parsifal), Dircé (Médée), Karolka (Jenufa), Shéhérazade (Sindbad), Johanna Barker dans Sweeney Todd (Sondheim) ainsi que Soeur Constance dans Les Dialogues des Carmélites d'Olivier Py.
A l'Opéra de Flandre elle fait ses débuts dans Despina (Cosi fan tutte) et Zerlina (Don Giovanni), aborde à nouveau Soeur Constance dans Dialogues des Carmélites (là dans la production de Robert Carsen) et chante Woglinde dans la tétralogie de Wagner, réalisée par Ivo Van Hove.
Exceptionnellement douée pour le Lied, Hendrickje Van Kerckhove fut élue "Rising Star" par ECHO (2009). Elle se produisit lors de récitals à la Monnaie (au piano : Kazushi Ono), Bozar Bruxelles, Musikverein Vienne, Megaron Athènes, Philharmonie de Luxembourg et Handelsbeurs à Gand. L'artiste fut également l'invitée de la prestigieuse série des Grands Interprètes du Lied au Singel, ainsi que d'AMUZ (les deux, situées à Anvers).