Hendrickje Van Kerckhove studeerde aan het conservatorium van Antwerpen en vervolmaakte zich aansluitend bij de Operastudio Vlaanderen en de Muziekkapel Koningin Elisabeth, waar ze door Susanne Eken en José Van Dam gecoacht werd.
Naar aanleiding van de wereldcreatie in 2005 van Philippe Boesmans’ opera Julie in dewelke Hendrickje Van Kerckhove de rol van Kristin zong, maakte ze haar opvallend debuut in de Munt. Ondertussen maakte ze er haar opwachting als Blonde in Die Entführung aus dem Serail, Ernestine in Monsieur Choufleuri rentre chez lui van Jacques Offenbach, Sophie in Werther, 1. Blumenmädchen in Parsifal, Dircé in Médée van Luigi Cherubini, Karolka in Jenufa, Shéhérazade in Sindbad van Howard Moody, Johanna in Sweeney Todd van Stephen Sondheim en Soeur Constance in Dialogues des Carmélites in regie van Olivier Py.
Bij de Vlaamse Opera verleende ze onder meer haar medewerking aan de producties van Don Giovanni (Zerlina), Wagners Ring (Woglinde), Dialogues des Carmélites (Soeur Constance) hier in regie van Robert Carsen, La Sonnambula (Lisa) en Cosi fan tutte (Despina). Ze trad ook regelmatig op met het Symfonisch Orkest van de Vlaamse opera, onder meer in een programma met concertaria's van Mozart en ter gelegenheid van de Nieuwjaarsconcerten.
Ondertussen bouwde Hendrickje Van Kerckhove een stevige reputatie als liedvertolkster op. Reeds in 2008 verkoos ECHO (European Concert Hall Organization) haar tot “Rising Star”. De titel ging gepaard met optredens in het Musikverein Wien, Concertgebouw Amsterdam, Megaron Athene en de "Filharmonie" van Luxemburg.